Hi! I have a background in physics and notions in theoretical computer science, but since my PhD I have mostly been doing computational biology.
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Last Notes npub1cuzpt4axlhncy27cv7r62y86cjlfvpwhdlvw4rcj8pzfsslc9mcs38q8lt Virgile Andreani @nprofile…xlhs C'est des choses à elle ou à toi ? npub1cuzpt4axlhncy27cv7r62y86cjlfvpwhdlvw4rcj8pzfsslc9mcs38q8lt Virgile Andreani @nprofile…g2ay Ça me fait bien dormir :) npub1cuzpt4axlhncy27cv7r62y86cjlfvpwhdlvw4rcj8pzfsslc9mcs38q8lt Virgile Andreani Bilan du jour 7/10 npub1cuzpt4axlhncy27cv7r62y86cjlfvpwhdlvw4rcj8pzfsslc9mcs38q8lt Virgile Andreani @nprofile…ehh9 Là ça me pique un peu les yeux sous la tente mais ça fait frais aux chevilles, c'est plutôt agréable, on va voir comment ça agit cette nuit :) npub1cuzpt4axlhncy27cv7r62y86cjlfvpwhdlvw4rcj8pzfsslc9mcs38q8lt Virgile Andreani Nouvelles du camping : Gégé a gagné la partie de pétanque mais Ötsi, la chienne husky reste introuvable. Je vous tiens au courant. npub1cuzpt4axlhncy27cv7r62y86cjlfvpwhdlvw4rcj8pzfsslc9mcs38q8lt Virgile Andreani @nprofile…g2ay J'ai d'ailleurs lu dans le livre dont j'ai parlé récemment que les corneilles savent prendre en compte la direction du regard des humains, indépendamment de celle du corps ou du visage. Elles savent très bien ce qu'on regarde même si on essaie de le dissimuler ! Une explication était qu'elles ont elles-mêmes des iris et ont donc l'habitude d'observer la direction du regard de leurs congénères. Cela m'avait un peu étonné parce que je n'avais pas eu l'occasion de voir leurs yeux de près. npub1cuzpt4axlhncy27cv7r62y86cjlfvpwhdlvw4rcj8pzfsslc9mcs38q8lt Virgile Andreani @nprofile…xdns Très belle retranscription du bruit du modem 56k ! npub1cuzpt4axlhncy27cv7r62y86cjlfvpwhdlvw4rcj8pzfsslc9mcs38q8lt Virgile Andreani ... l'unité nationale est pourtant les 1001 liens sociaux tissés entre les citoyen.e.s par les acteurices de l'ESS. npub1cuzpt4axlhncy27cv7r62y86cjlfvpwhdlvw4rcj8pzfsslc9mcs38q8lt Virgile Andreani ... ne doit pas rester théorique, il faut pouvoir le poser concrètement. Par exemple, sur la question de la petite enfance, il y a plusieurs acteurs à écouter. Les enfants veulent du confort. Les parents veulent du confort pour leurs enfants, et des possibilités de garde. Les employeurs des parents veulent leurs disponibilité. Si l'on écoutait les uns et les autres, on pourrait définir l'intérêt général par du compromis. L'intérêt général est co-construit, c'est clair, mais c'est difficile ... npub1cuzpt4axlhncy27cv7r62y86cjlfvpwhdlvw4rcj8pzfsslc9mcs38q8lt Virgile Andreani ... connaissent le mieux la question des services publics, et les priver de tout pouvoir sur leur travail prive les services publics de ce qu'ils pourraient être, et crée de la souffrance. npub1cuzpt4axlhncy27cv7r62y86cjlfvpwhdlvw4rcj8pzfsslc9mcs38q8lt Virgile Andreani A quel moment a-t-on décidé démocratiquement d'utiliser l'argent public pour financer des fonds de pension étrangers ? Jamais. C'est juste de la captation de valeur au détriment des assurés sociaux. Pourrait-on décider que ce qui relève de la protection sociale ne doit pas faire partie du marché ? A minima, pourrait-on encadrer les profits que ces acteurs peuvent réaliser ? npub1cuzpt4axlhncy27cv7r62y86cjlfvpwhdlvw4rcj8pzfsslc9mcs38q8lt Virgile Andreani ... son camp. Certaines structures et associations refusent de se positionner sur la question, c'est de moins en moins acceptable car l'alternative non-ED/ED n'est pas de même nature que l'alternative partisane habituelle. npub1cuzpt4axlhncy27cv7r62y86cjlfvpwhdlvw4rcj8pzfsslc9mcs38q8lt Virgile Andreani Au palais d'Iéna pour suivre la soirée de lancement du Printemps des Services Publics du collectif Nos Services Publics ! npub1cuzpt4axlhncy27cv7r62y86cjlfvpwhdlvw4rcj8pzfsslc9mcs38q8lt Virgile Andreani @nprofile…xlhs Mais non ???! Comment un.e éditeurice peut laisser passer ça ?? Comment vous avez répondu à ça ? npub1cuzpt4axlhncy27cv7r62y86cjlfvpwhdlvw4rcj8pzfsslc9mcs38q8lt Virgile Andreani @nprofile…sehc Cela semble être une question à laquelle https://www.eurekoi.org/ pourrait avoir une réponse ! @nprofile…5pt7 npub1cuzpt4axlhncy27cv7r62y86cjlfvpwhdlvw4rcj8pzfsslc9mcs38q8lt Virgile Andreani Je trouve cette posture à la fois humble et honnête npub1cuzpt4axlhncy27cv7r62y86cjlfvpwhdlvw4rcj8pzfsslc9mcs38q8lt Virgile Andreani Soit ma vision me joue des tours soit je viens de voir G746 et G716 à quelques pas l'une de l'autre, il y avait de quoi se tromper npub1cuzpt4axlhncy27cv7r62y86cjlfvpwhdlvw4rcj8pzfsslc9mcs38q8lt Virgile Andreani @nprofile…u32l Firefox told me. It's an interesting idea to have several windows. I suppose you keep them thematic? npub1cuzpt4axlhncy27cv7r62y86cjlfvpwhdlvw4rcj8pzfsslc9mcs38q8lt Virgile Andreani Très content d'avoir participé à l'AG de l' @nprofile…l4f9 hier, d'avoir pu mettre des visages sur des noms que je voyais souvent passer dans les communications de l'April, d'y avoir retrouvé des gens que je n'avais pas vus depuis longtemps et d'avoir fait de nouvelles connaissances :) npub1cuzpt4axlhncy27cv7r62y86cjlfvpwhdlvw4rcj8pzfsslc9mcs38q8lt Virgile Andreani Je n'ai jamais été autant intéressé par un livre qui donne autant envie de dormir ! Écrit par un chercheur spécialiste du sommeil, c'est une vraie revue scientifique sur le sujet, qui reste néanmoins très accessible. Après avoir décrit les mécanismes et fonctions du sommeil, il explique à quel point les gens en manquent et comment y remédier, notamment par la sieste qu'il assimile à un véritable hôpital de campagne capable de soigner les effets de ce manque. D'utilité publique. npub1cuzpt4axlhncy27cv7r62y86cjlfvpwhdlvw4rcj8pzfsslc9mcs38q8lt Virgile Andreani J'aimerais bien ne pas avoir de boulot en retard à rattraper un de ces weekends : pas d'article à relire, pas d'article à rédiger, pas de dossier à préparer, pas de rien, juste pour pouvoir faire d'autres trucs le weekend pour une fois npub1cuzpt4axlhncy27cv7r62y86cjlfvpwhdlvw4rcj8pzfsslc9mcs38q8lt Virgile Andreani On imaginait ou on supputait pourquoi, on implorait, on mourrait surtout d'avoir trop poursuivi un blanc ou un trou. npub1cuzpt4axlhncy27cv7r62y86cjlfvpwhdlvw4rcj8pzfsslc9mcs38q8lt Virgile Andreani Mon avis : Bon roman nonobstant un truc qui va pas npub1cuzpt4axlhncy27cv7r62y86cjlfvpwhdlvw4rcj8pzfsslc9mcs38q8lt Virgile Andreani @nprofile…vqd5 What I can say, as a native French speaker, is that hearing English spoken with a shamelessly heavy French accent tends to be the inverse of charming to me... npub1cuzpt4axlhncy27cv7r62y86cjlfvpwhdlvw4rcj8pzfsslc9mcs38q8lt Virgile Andreani Mon père voudrait se replonger dans ses origines et apprendre à parler corse, il s'est acheté l'Assimil mais je voudrais lui offrir quelques séances de cours particuliers. J'aime bien italki que j'ai utilisé moi-même pour plusieurs langues, mais je n'y ai trouvé personne qui enseigne le corse. Est-ce que quelqu'un saurait où je pourrais trouver cela, soit en ligne soit en région parisienne ? npub1cuzpt4axlhncy27cv7r62y86cjlfvpwhdlvw4rcj8pzfsslc9mcs38q8lt Virgile Andreani #MardiPatisserie avec des bugnes de mardi-gras faites par ma mère, avec une recette de ma grand-mère jurassienne. npub1cuzpt4axlhncy27cv7r62y86cjlfvpwhdlvw4rcj8pzfsslc9mcs38q8lt Virgile Andreani Chaque livre sur les corvidés me donne envie d'en lire trois ou quatre autres, croyez-moi et ne rentrez pas dans cette spirale infernale, ahhh je viens encore d'en acheter deux, c'est trop tard pour moi mais que mon exemple vous serve d'avertissement je vous aurai prévenu Gloire aux Corvidés nos Maîtres et Sauveurs HITCHCOCK SAVAIT CROYEZ-MOI CROAYEZ CROAA CROAAA CROAAAAA npub1cuzpt4axlhncy27cv7r62y86cjlfvpwhdlvw4rcj8pzfsslc9mcs38q8lt Virgile Andreani @nprofile…w2mf Thank you but this shows only my posts. I was more interested in the posts from the people I am following (perhaps I didn't use the word "timeline" right) npub1cuzpt4axlhncy27cv7r62y86cjlfvpwhdlvw4rcj8pzfsslc9mcs38q8lt Virgile Andreani Is there a way to programmatically access my own timeline with the mastodon API? If I understand correctly, I can create a bot and log it in, but this will give it access to its own timeline, not mine, right? npub1cuzpt4axlhncy27cv7r62y86cjlfvpwhdlvw4rcj8pzfsslc9mcs38q8lt Virgile Andreani @nprofile…aq20 Hmm, en supposant que ça roule sans glissement peut-être, mais en fait c'est justement sur l'hypothèse du non-glissement que je m'interrogeais. Après, je crois que les roues de train sont coniques et non cylindriques, ce qui complexifie encore les choses... npub1cuzpt4axlhncy27cv7r62y86cjlfvpwhdlvw4rcj8pzfsslc9mcs38q8lt Virgile Andreani @nprofile…zs3d Sacré boulot ! npub1cuzpt4axlhncy27cv7r62y86cjlfvpwhdlvw4rcj8pzfsslc9mcs38q8lt Virgile Andreani Je me suis brossé les dents, est-ce que je vais me mettre en pyjama ? Dans un train ?? C'est fou ce qui est en train de se passer npub1cuzpt4axlhncy27cv7r62y86cjlfvpwhdlvw4rcj8pzfsslc9mcs38q8lt Virgile Andreani Dernière annonce, qui dit pas d'annonce de 22 heures à 6 heures. npub1cuzpt4axlhncy27cv7r62y86cjlfvpwhdlvw4rcj8pzfsslc9mcs38q8lt Virgile Andreani Je suis en général un peu parano et j'ai du mal à me séparer de mon sac à dos, je me disais que ça allait être compliqué d'aller aux toilettes etc, mais en fait je crois que j'ai plutôt confiance de laisser mes affaires dans le compartiment npub1cuzpt4axlhncy27cv7r62y86cjlfvpwhdlvw4rcj8pzfsslc9mcs38q8lt Virgile Andreani C'est assez grisant de voyager couché, j'ai le sentiment d'être bercé et de temps en temps il y a un petit sursaut qui m'envoie valdinguer (pas vraiment mais c'est un peu la sensation quand même). Ajouter à cela le fait que j'entends et je ressens le train travailler mais que je n'ai aucun moyen d'évaluer notre vitesse parce que je ne vois pas la fenêtre et que de toute façon il fait nuit... npub1cuzpt4axlhncy27cv7r62y86cjlfvpwhdlvw4rcj8pzfsslc9mcs38q8lt Virgile Andreani C'est parti ! On roule dans le sens qui fait que si le train pile, je tombe par terre depuis la couchette du haut. Espérons donc qu'on ne rencontre pas de cerf sur la voie npub1cuzpt4axlhncy27cv7r62y86cjlfvpwhdlvw4rcj8pzfsslc9mcs38q8lt Virgile Andreani On est six npub1cuzpt4axlhncy27cv7r62y86cjlfvpwhdlvw4rcj8pzfsslc9mcs38q8lt Virgile Andreani Je suis agréablement surpris de la qualité du couchage npub1cuzpt4axlhncy27cv7r62y86cjlfvpwhdlvw4rcj8pzfsslc9mcs38q8lt Virgile Andreani C'est rigolo le train de nuit, on se dit bonsoir, on discute, on découvre notre compartiment ensemble, on papote, on se contorsionne, on plaisante... npub1cuzpt4axlhncy27cv7r62y86cjlfvpwhdlvw4rcj8pzfsslc9mcs38q8lt Virgile Andreani @nprofile…g2ay Merci ! En fait, je me demandais à quel point interagir avec elles perturbe l'observation. Si je prends l'habitude de les nourrir au même endroit tous les jours pour lire leurs bagues, j'imagine qu'elles vont prendre cette habitude aussi, et que cette observation influencera leurs déplacements ? Par ailleurs, si on interagit différemment avec les corneilles baguées et non-baguées, peut-on considérer que les observations des baguées sont représentatives de l'ensemble de la population ? npub1cuzpt4axlhncy27cv7r62y86cjlfvpwhdlvw4rcj8pzfsslc9mcs38q8lt Virgile Andreani I wrote a peer-review for an article, and it looks like the editor fed my review and the other one through an LLM to make a combined summary, that they then sent to the authors (in addition to the full texts of the reviews). npub1cuzpt4axlhncy27cv7r62y86cjlfvpwhdlvw4rcj8pzfsslc9mcs38q8lt Virgile Andreani @npub1hfw…rzgr Bravo et merci surtout à toi pour l'idée et le podcast :) Mais je ne fais que commencer, j'ai repéré une quinzaine d'autres modèles auxquels j'ai envie de me mesurer :) npub1cuzpt4axlhncy27cv7r62y86cjlfvpwhdlvw4rcj8pzfsslc9mcs38q8lt Virgile Andreani This doesn't mean that we cannot have a stab at it! npub1cuzpt4axlhncy27cv7r62y86cjlfvpwhdlvw4rcj8pzfsslc9mcs38q8lt Virgile Andreani We published a new paper! I worked on it with Eric J. South, a bright PhD student in the lab. npub1cuzpt4axlhncy27cv7r62y86cjlfvpwhdlvw4rcj8pzfsslc9mcs38q8lt Virgile Andreani @npub1hfw…rzgr Merci :) Ne t'embête pas pour corriger, il n'y a rien d'urgent :) npub1cuzpt4axlhncy27cv7r62y86cjlfvpwhdlvw4rcj8pzfsslc9mcs38q8lt Virgile Andreani @npub1hfw…rzgr Merci :) npub1cuzpt4axlhncy27cv7r62y86cjlfvpwhdlvw4rcj8pzfsslc9mcs38q8lt Virgile Andreani Épisode 2 (vraiment cette fois) : la grenouille ambitieuse de Kunihiko Kasahara. Elle est vraiment minimaliste et originale, on ne peut rien lui enlever. Elle est accompagnée de ses têtards. npub1cuzpt4axlhncy27cv7r62y86cjlfvpwhdlvw4rcj8pzfsslc9mcs38q8lt Virgile Andreani I am looking at a git repo associated with a research paper that's just ~50 zip files. There are 150 commits, all of which consist in uploading or updating one of the zip files. npub1cuzpt4axlhncy27cv7r62y86cjlfvpwhdlvw4rcj8pzfsslc9mcs38q8lt Virgile Andreani @npub1hk7…q0na Il y a https://moralscore.org/ qui s'en approche npub1cuzpt4axlhncy27cv7r62y86cjlfvpwhdlvw4rcj8pzfsslc9mcs38q8lt Virgile Andreani @npub1pjj…2wqc Yes exactly, there is even a comparison with release-please in the docs: https://release-plz.ieni.dev/docs/why#differences-with-release-please npub1cuzpt4axlhncy27cv7r62y86cjlfvpwhdlvw4rcj8pzfsslc9mcs38q8lt Virgile Andreani I am really excited for #RustSciComp24 which starts in 8 hours and lasts until Friday: https://scientificcomputing.rs/ npub1cuzpt4axlhncy27cv7r62y86cjlfvpwhdlvw4rcj8pzfsslc9mcs38q8lt Virgile Andreani Bastille day public celebration tomorrow (Saturday) afternoon at Bow Market in Somerville, organized by the French consulate in Boston: npub1cuzpt4axlhncy27cv7r62y86cjlfvpwhdlvw4rcj8pzfsslc9mcs38q8lt Virgile Andreani @npub1f4f…n7y0 Ah well... I was thinking it would be LSP things such as "go to definition of symbol" or auto complete... That's more surprising indeed! npub1cuzpt4axlhncy27cv7r62y86cjlfvpwhdlvw4rcj8pzfsslc9mcs38q8lt Virgile Andreani @npub1f4f…n7y0 What kind of commands? Is it possible that it needs something else installed or configured differently? npub1cuzpt4axlhncy27cv7r62y86cjlfvpwhdlvw4rcj8pzfsslc9mcs38q8lt Virgile Andreani @npub1yqe…j6rq I didn't realize that, this would be helpful indeed, but I think my instance doesn't allow it because it looks like I am limited to integer stars. I am on bookwyrm.social npub1cuzpt4axlhncy27cv7r62y86cjlfvpwhdlvw4rcj8pzfsslc9mcs38q8lt Virgile Andreani Excellente sélection de livres et très bons conseils à la librairie Les Caractères, qui a ouvert le mois dernier place d'Italie à Paris (72 avenue des Gobelins). Quand je reviendrai à Paris je pense que ça deviendra une de mes librairies de prédilection. npub1cuzpt4axlhncy27cv7r62y86cjlfvpwhdlvw4rcj8pzfsslc9mcs38q8lt Virgile Andreani I am using #bookwyrm to rate and review books. There is a 5-star scale, but I noticed that I almost only give 4 stars (to books I like) or 5 stars (to books that transformed me). I think it is probably because I have a selection bias and I don't start books that I would not like, or if I do I never finish them. npub1cuzpt4axlhncy27cv7r62y86cjlfvpwhdlvw4rcj8pzfsslc9mcs38q8lt Virgile Andreani Français et Françaises de l'étranger : rappel que c'est aujourd'hui qu'il faut voter (au bureau de vote) si vous ne l'avez pas encore fait en ligne. npub1cuzpt4axlhncy27cv7r62y86cjlfvpwhdlvw4rcj8pzfsslc9mcs38q8lt Virgile Andreani A VOTÉ. npub1cuzpt4axlhncy27cv7r62y86cjlfvpwhdlvw4rcj8pzfsslc9mcs38q8lt Virgile Andreani @npub1hfw…rzgr Merci pour la découverte, elle est super cette appli ! npub1cuzpt4axlhncy27cv7r62y86cjlfvpwhdlvw4rcj8pzfsslc9mcs38q8lt Virgile Andreani @npub19tc…ecl2 This looks incredible, I love these flavours and ingredients! npub1cuzpt4axlhncy27cv7r62y86cjlfvpwhdlvw4rcj8pzfsslc9mcs38q8lt Virgile Andreani @npub19tc…ecl2 Do you add any water? Is an instant pot a pressure cooker? npub1cuzpt4axlhncy27cv7r62y86cjlfvpwhdlvw4rcj8pzfsslc9mcs38q8lt Virgile Andreani I made it for the lab but the bottom was too soggy and I couldn't resolve myself to bring my coworkers an inferior apple pie. So I am having it entirely to myself... Not that I am complaining! npub1cuzpt4axlhncy27cv7r62y86cjlfvpwhdlvw4rcj8pzfsslc9mcs38q8lt Virgile Andreani @npub1n2q…x4ye I can see a solution involving one more mechanical pencil :) npub1cuzpt4axlhncy27cv7r62y86cjlfvpwhdlvw4rcj8pzfsslc9mcs38q8lt Virgile Andreani @npub1vyt…mgjn Looking fantastic! Did you cook the sausage beforehand, or just with the pizza? npub1cuzpt4axlhncy27cv7r62y86cjlfvpwhdlvw4rcj8pzfsslc9mcs38q8lt Virgile Andreani "Truthfully, I gave up the piano for two solid months. And I had crying fits at night. I would go to bed at night and it haunted me, it actually haunted me that someone could play the piano so well." npub1cuzpt4axlhncy27cv7r62y86cjlfvpwhdlvw4rcj8pzfsslc9mcs38q8lt Virgile Andreani @npub1sk4…73ap I think I agree. To me, it makes zero sense to make one single person assume the three equally important roles of managing the team, providing scientific guidance and mentorship, and securing funding. There is also no reason why somebody good at one of these would also be good at the other two. Ideally, these would be three different people, and authorship and acknowledgements would be attributed fairly and in consequence. npub1cuzpt4axlhncy27cv7r62y86cjlfvpwhdlvw4rcj8pzfsslc9mcs38q8lt Virgile Andreani @npub1h4m…ckyx Indeed, I was wrong about journal's authorship guidelines. I was remembering that one journal (I dont remember which one) provided a template for authorship contributions, and one of the labels was "acquisition of funding", I made the jump a little too quickly. I agree that requiring people to agree to separate guidelines, sometimes not even explicit, is far from ideal. @npub1sk4…73ap npub1cuzpt4axlhncy27cv7r62y86cjlfvpwhdlvw4rcj8pzfsslc9mcs38q8lt Virgile Andreani @npub1sk4…73ap I understand. There is sometimes a contributions paragraph where who did what is detailed. Is it problematic or harmful in your view, to include the boss in the author list in cases where their scientific input is arguable? npub1cuzpt4axlhncy27cv7r62y86cjlfvpwhdlvw4rcj8pzfsslc9mcs38q8lt Virgile Andreani @npub1a3c…20wh Good luck, and courage too! I am sure that your team and students appreciate your efforts to bring money in and enable interesting research. npub1cuzpt4axlhncy27cv7r62y86cjlfvpwhdlvw4rcj8pzfsslc9mcs38q8lt Virgile Andreani @npub1sk4…73ap Why is it wrong or anormal to you? I genuinely believe that my boss's daily work focused on acquiring money to pay me and make the lab work is something without which my papers couldn't possibly exist, and it is something that should then be acknowledged. (I am deliberately ignoring other kinds of contribution, such as mentoring, for the sake of this argument) About what authorship entails, most journals state that acquisition of funding is a sufficient authorship reason.
